Varios Procesos Para Corregir Las Manchas De Cebador En La Recuperación De Errores De PCR

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    Reducir la suma del modelo.Aumente la temperatura de recocido.Utilice PCR de aterrizaje.Reducir el número de ciclos de PCR.Redibujando los cebadores.Use imprimaciones apiladas.Reforzar parte del producto.

    Reducir el número más importante de la plantilla.Aumente la temperatura de recocido.Utilice la recepción de PCR.Reducir el número de ciclos de PCR en humanos.Remodelación de cimientos.Utilice imprimaciones compuestas.Fortalecer el producto nuevamente.

    ¿Por qué tengo manchas después de la PCR?

    Como regla general, se recomienda no manchar el producto de la PCR como consecuencia de la mayor concentración de ADN molde. Una alta concentración de ADN molde por lo general terminará en bandas muy gruesas en el suplemento natural en gel, a menos que su ADN se degrade o el ARN no cumpla con las especificaciones. Contaminación de ADN, ARN en el diseño de ADN, alta concentración de ADN dentro de la reacción de PCR puede causar manchas.

    ¿Por qué obtengo frotis PCR?

    ID de preguntas frecuentes -87

    Vuelva a examinar algunos de los siguientes factores que pueden contribuir al uso de lociones PCR recubiertas no específicas y sugerencias sobre cómo evitarlas:

  • solución de problemas de PCR con frotis de imprimación

    Ejecutar plantilla demasiado lejos

    Verifique nuestro enfoque de la plantilla de apertura. Hacer diluciones seriadas de Nucleic Acid Format a partir de la estrategia de stock. Realice PCR configurando estas diluciones en serie.

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    Transferencia de contaminación

    Si el control de PCR negativo (sin ADN molde) muestra un suplemento dietético o un hisopo de PCR, modifique todos los reactivos. Utilice puntas de pipeta desechables que tengan filtros hidrofóbicos para minimizar la contaminación cruzada. Coloque todas las recetas de reacción en una zona separada que, a su vez, no se podrá utilizar para la preparación de ADN o el análisis corporal por PCR.

  • solución de problemas de PCR frotis de cebador

    Enzima alta

    Si también se usa HotStarTaq o Taq DNA Polymerase, use en segundo lugar unidades de 5 por 100 µl de respuesta a la mezcla.

  • ¿Cómo se deshacen los clientes de un frotis en PCR?

    “Si la distribución de PCR de una persona parece una mancha, probablemente tendría que aumentar las condiciones de recocido o reducir la cantidad de magnesio (si el cliente parece haber agregado magnesio él mismo, y sin duda estaba en la mezcla). Probablemente también agregará un modelo de moda. “Sugeriría usar geles recién hechos y ejecutarlos en un tampón recién preparado.

    Demasiados ciclos de PCR

    Reduzca el número de concentraciones en incrementos de 3 ciclos.

  • Detección subóptima de Mg2+

    Realice PCR con valores variables finales de Mg2+ desde 1,5 para que pueda obtener 5,0 mM (en incrementos de 0,5 mm) de parte de la solución de 25 mM MgCl2 suministrada (consulte el banco a continuación):

  • Cebador subóptimo o degradado

    Repita la PCR usando diferentes concentraciones de cebador de 0,1 a 0,5 µM en un cebador (en incrementos de 0,1 µM). Especialmente cuando realice una PCR de alta sensibilidad, busque la posible degradación de todo el cebador utilizando un gel de poliacrilamida desnaturalizante.

  • ¿Cómo se solucionan los problemas de un gran dímero de imprimación?

    aumentar la temperatura de recocido.Aumente el tiempo para cada temperatura asociada con la desnaturalización de la plantilla.Reduzca la concentración con la imprimación (10 pmol pueden funcionar)Use alguna forma de contacto de potenciador de PCR como DMSO.Mira tu modelo actual.Utilice etiquetas de buena calidad.

    El diseño de imprimación no es nada bueno

    ¿Cómo podría solucionar un dímero de imprimación?

    Aumente la temperatura de recocido.Aumente el tiempo/temperatura en combinación con la desnaturalización del modelo.Disminuya la concentración 101 (10 pmol se ajusta automáticamente)Utilice un activador de PCR como DMSO.Mira tu modelo.Utilice etiquetas de decisión.

    CheckPersonaliza tu diseño y crea imprimaciones originales

  • Para obtener más información y datos sobre la optimización de las soluciones de PCR, consulte las divisiones del apéndice relacionadas con el manual Taq PCR y HotStarTaq DNA Polymerase, así como nuestro folleto completo Factores críticos de éxito para PCR.

    Concentración final de Mg2+ en el tipo de respuesta (mM) 1,5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0
    Volumen requerido de MgCl2 26 mM por concentración de respuestas (µl) 0 2 4 6 8 10 12 14
    < td>No es suficiente

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    Causas posibles Recomendaciones
    Modelos de ADN
    Integridad deficiente
    • Minimización de roturas de ADN y roturas durante la eliminación. Si es necesario, evalúe la plantilla de ADN mediante electroforesis de base de integridad.
    • Almacene el ADN en funcionamiento en agua molecular o tampón TE 8-10 (ph.0) para evitar la degradación debido a las nucleasas.
    Baja pureza
    • Siga estrictamente las recomendaciones del fabricante cuando utilice el kit de limpieza para extracción de ADN Plantilla . Consulte la guía para fumadores y la guía de solución de problemas para disminuir el ADN de baja calidad.
    • Asegúrese de que cuando use cualquier químico y/o siga los protocolos de purificación de ADN enzimático según sea necesario, prometa que no hay inhibidores de PCR residuales como fenol, l-EDTA y proteinasa K.
    • Vuelva a purificar el ADN por medio de etanol al 70 % o precipite y purifique el ADN para eliminar las sales ocultas o (por ejemplo, iones, por ejemplo, K+, Na +, etc.) que inhiben muchas ADN polimerasas.
    • Elija ADN polimerasas de procesividad avanzada que muestren alta tolerancia en lugar de inhibidores de PCR convencionales que se encuentran entre el cultivo, el suelo, los tejidos vegetales, etc.< /li>

    < /td>

    No es suficiente
    • Verifique la cantidad de ADN inyectado y mejore la cantidad en dólares si es necesario.
    • Seleccione las ADN polimerasas que tengan la mayor sensibilidad de amplificación.
    • Aumente la cantidad total si es necesario ciclos de PCR.
    Objetivos complejos (por ejemplo, ricos en GC o posiblemente un segundo simple estructuras darias)
    • Elija ADN polimerasas con una procesividad superior que muestren una alta afinidad como estilos de ADN y mejor x se adapte a usted para mejorar los objetivos molestos. Use un aditivo de PCR, también conocido como codisolvente, para ayudar a las secuencias ricas en ADN y GC. Habilidad y desnaturalización del ADN y las estructuras secundarias.
    • Aumente la cantidad de tiempo de desnaturalización y/o separe las plantillas del ADN de doble cadena en su clima -manera amigable.< /li>
    Objetivos largos
    • Verifique el espacio de sonido permitido de la polimerasa seleccionada genética. Use polimerasas de ADN especialmente diseñadas para PCR increíblemente largas.
    • Elija polimerasas de ADN con alta procesividad, pueden amplificar trabajos largos en menos tiempo.
    • Reducir la temperatura de recocido y la elongación podría ayudar en los cebadores , unión a enzimas y estabilidad térmica.
    • Aumento del tiempo total de elongación en función de la longitud del amplicón.
    Fundamentos < /td>
    Diseño de problemas
    • Revise lo esencial del diseño. Utilice las herramientas de innovación en línea del gobierno federal adecuadas,
    • asegúrese de que todos los cebadores coincidan con el objetivo de todos los intereses.
    • Asegúrese de que los cebadores sean complementarios a todas las hebras correctas involucradas con el ADN objetivo.
    Imprimadores antiguos
    • Los imprimadores se dividen en alícuotas y se almacenan correctamente, generalmente después de la resuspensión.
    • Restaurar alícuotas frescas del gobierno federal u obtener nuevas si normalmente se necesitan cebadores.
    • Concentraciones de Optimize 101 (generalmente en el rango de 0.1-1 µM cada una).
    • Para PCR largas , y para PCR con cebadores de giro, comience con una concentración mínima de 0,5 μM.
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    Otra reacción hacia los componentes
    ADN polimerasa inapropiada
    • Usar sobre el ADN de arranque en caliente para detectar la degradación aparente unida a los cebadores d corrigiendo la actividad deportiva en 3’≤5′ ADN polimerasa exonucleasa. Las polimerasas de ADN de inicio en caliente aumentan de manera similar el rendimiento de las PCR seleccionadas con productos que eliminan la amplificación no específica.
    • También puede programar la PCR en hielo o agregar la última polimerasa de ADN a la mezcla de reacción.
    • < /ul >

    Conjunto inadecuado de polimerasas de ADN
    • Elija polimerasas de ADN con excelente sensibilidad al considerar la amplificación.
    • < li > Reconsiderar Usar la dosis recomendada entre la ADN polimerasa en las tendencias de PCR y optimizar dentro de lo necesario.

    • Aumentar la cantidad de ADN polimerasa si la mezcla de impacto contiene una alta concentración de un aditivo (p. ej., DMSO, formamida) o inhibidores de la muestra de cualquier fuente.
    Concentración insuficiente de Mg2+